Philipp Harnoncourt arbeitet am Theater in den verschiedensten Bereichen: Er inszeniert Theaterstücke und Opernaufführungen, entwirft Raum- und Lichtkonzepte, organisierte als Technischer Leiter das ImPulsTanz-Festival in Wien, war Betriebsleiter am Wiener Schauspielhaus und schreibt selbst Theaterstücke.

Er entwarf die Lichtgestaltung für zahlreiche Produktionen für Theater, Tanz und Oper. Für Bühne und Licht verantwortlich war er etwa beim „Zigeunerbaron“ im Wiener Konzerthaus 1996, bei vielen Produktionen der Choreographin Christine Gaigg wie „Sacre du Printemps“ oder „Über Tiere“ von Elfriede Jelinek (Theater am Neumarkt, Zürich).

Seit Mitte der 90er Jahre arbeitete Philipp Harnoncourt vor allem als Regisseur in Opernproduktionen, die von „Piramo e Tisbe“ von J. A. Hasse im Wiener Schauspielhaus 2001, dem Monteverdi-Projekt „ballo mortale“ an der Kammeroper Wien, „Pagliacci“ an der Staatsoper Kiew, „Der Bettelstudent“ im Landestheater Tirol, „Hoffmanns Erzählungen“ auf der Seebühne Stralsund, „Die Schuldigkeit des ersten Gebots“ von Mozart im Theater an der Wien beim Osterklang 2006 bis zur „Zauberflöte“ bei den Opernfestspielen Heidenheim reichen. 2008 brachte er mit großem Erfolg die tragédie lyrique „Alcione“ von Marin Marais im Wiener Odeon nach 240 Jahren wieder zur Aufführung. Anschließend inszenierte er gemeinsam mit seinem Vater „Idomeneo“ für die „styriarte“ in Graz, gefolgt von „La Cenerentola“ beim Klassikfestival im Schloss Kirchstetten. 2009 lag der Schwerpunkt auf der zeitgenössischen Musik: „The Last Supper“ von H. Birtwistle für die Neue Oper Wien im Semperdepot, anschließend Maxwell Davies „Eight Songs for a Mad King“ und Salvatiore Sciarrinos „L`Infinito Nero“ für das Kabinetttheater. 2010 folgen „Idomeneo“ am Opernhaus Zürich, Prokofjews „Engel aus Feuer“ im Odeon in Wien, die Eröffnung des steirischen Herbstes mit der Künstlergruppe Gaigg/Lang/Ritsch. 2011 inszeniert er unter anderem „Rodelinda“ von Händel im Theater an der Wien.